La Comisión Europea publica anualmente un marcador europeo de la innovación a nivel nacional a fin de evaluar el rendimiento en la innovación en Europa. Para su análisis, la Comisión se basa en el "Índice Agregado de Innovación" (SII), que se compone de un total de 26 indicadores relativos a condiciones estructurales, creación de conocimiento, innovación y espíritu emprendedor, aplicación de la innovación y propiedad intelectual. En el marcador de 2005 España ocupaba el puesto 16 de la UE-25, "perdiendo terreno" en relación con otros países.
La versión de 2006 se basa en el análisis de un conjunto reducido de siete indicadores, realizado en un total de 208 regiones de los 25 Estados miembros de la UE. El análisis realizado permite comparar, no sólo el rendimiento de las diferentes regiones en Europa, sino su rendimiento en Europa en relación con los resultados de la innovación en el país analizado, es decir, permite identificar los llamados "líderes locales". En este sentido, el estudio señala como líderes locales las regiones europeas de Praga, Bratislava y Comunidad de Madrid.
El grupo de expertos responsables del informe ha señalado la dificultad de recopilar información a nivel regional para la realización del estudio. Asimismo, la Comisión Europea ha informado de que a partir de 2007 el marcador regional de la innovación se publicará cada dos años, y que se mejorará la metodología de análisis, resaltando la importancia de desarrollar una técnica común para medir y evaluar el rendimiento de la innovación regional en Europa.
