Los servidores de los diversos campus se han mostrado saturados ante las demandas de automatrícula, indicando diferentes errores durante horas y horas, aunque algunas personas sí conseguían hacer la matrícula online.
La URJ es una de las seis universidades públicas de la Comunidad de Madrid, tras ser creada en homenaje al entonces Rey, durante el primer gobierno de José María Aznar, en julio de 1996, por lo que en años siguientes se pobló de docentes del PP procedentes de otras universidades donde no habían hecho carrera, así como de nombramientos polémicos, que llegan hasta muy recientes denuncias de corrupción y fraude . No hay noticias de problemas similares de matrícula en las otras cinco universidades públicas de Madrid: Complutense, Autónoma, Politécnica, Alcalá y Carlos III.
Al empezar la automatrícula, muchos estudiantes de la URJC se sorprendieron de que un mensaje señalara que se ha alcanzado el número máximo de sesiones, por lo que pide volver a intentarlo más tarde. En otros casos, una vez iniciado el proceso de matriculación, la sesión caduca o da fallo interno. Por ello, según denuncian los alumnos bajo la etiqueta #URJC, algunos están tardando horas en poder finalizar el proceso.
La universidad confirmó al diario ABC que «ha habido un problema por exceso de concurrencia a la web de matrícula». A las 9.30 horas de la mañana indicaba que el problema «ya se ha solucionado» y «la web recuperará el nivel de tráfico anterior a la caída lo antes posible», pero después de esa hora todavía se registraban algunas quejas en redes sociales. No se ha informado cuántos estudiantes afluyeron simultáneamente para justificar el alud de críticas y comentarios.
A la confusión por estos problemas se suma la derivada del pago de las tasas de matriculación, ya que el nuevo Gobierno de Madrid encabezado tras el pacto con Ciudadanos por Cristina Cifuentes, anunció al tomar posesión una reducción del 10%, después de haber sido Madrid la autonomía donde más se han encarecido desde el 2011, según el Instituto Nacional de Estadística en una media del 52%, el doble que en la media nacional. Entre los estudiantes se aconseja no pagar el recibo de tasas hasta que se apruebe esa reducción, que todavía no ha salido en el Boletín oficial pese a que la propagan del PP incluye ese anuncio como medida ya realizada.
El proceso de matrículas se hace más confuso ante la incertidumbre de futuro sobre la duración de las carreras en cada universidad a raíz de la negativa de la mayoría a aplicar el Decreto 3+2, así como también por las diferencias de precios entre universidades y las notas de corte de cada una de ellas, que para las Universidades Públicas de Madrid y el curso Curso 2015-2016 pueden consultarse en los siguientes enlaces:
Notas de corte 2015-2016 de TODAS las Universidades Públicas de Madrid
Notas de corte de la Universidad Complutense de Madrid
Notas de corte de la Universidad Autónoma de Madrid
Notas de corte de la Universidad Politécnica de Madrid
Notas de corte de la Universidad de Alcalá