El Programa de Becas de la Fundación, que cumple su duodécima edición y nació con el objetivo de facilitar y promover la ampliación de estudios a licenciados y profesionales, se rige bajo las premisas de la "excelencia y de la igualdad de oportunidades". Para ello, diferentes instituciones españolas y latinoamericanas de enseñanza superior colaboran para que se pueda llevar a cabo.
Las becas de postgrado están dirigidas a la formación en España de licenciados nacionales de un país miembro de la Comunidad Iberoamericana de Naciones, con capacidad académica o profesional avalada por un currículum sobresaliente. En este sentido, el programa ofrece las modalidades de becas y ayudas al estudio.
Por otro lado, las becas de doctorado concedidas en años anteriores también podrán ser renovadas y tienen como objetivo facilitar a profesores procedentes de universidades de América Latina la obtención del grado de doctor en centros académicos españoles, propiciando la creación de redes de colaboración entre instituciones universitarias de ambos lados del Atlántico.
La selección de candidatos se realiza por unos comités de evaluación en los que se integran representantes de las universidades que forman parte de la convocatoria, representantes de la Fundación Carolina y expertos independientes que analizan conjuntamente los méritos de los candidatos.