La ANECA (Agencia Nacional de Evaluación de la Calidad y Acreditación), que acredita la calidad de los estudios universitarios, todavía no ha aprobado los másters presentados por algunas universidades. Además, y según informa Educaweb.com, algunas comunidades autónomas como Catalunya, han manifestado dificultades para implantarlo. El Comissionat d´Universitats objeta falta de presupuesto para impartirlo. En Andalucía, la Conferencia Andaluza de centros y departamentos universitarios de Matemáticas (CAMAT) critica el "nefasto" proyecto de Formación de Profesores de Enseñanza Secundaria redactado en esta comunidad y exige su paralización.
Algunas universidades en concreto, como es el caso de la Universidad de Granada, pese a aprobar su puesta en marcha, ha decididi que el máster no se aplique el próximo curso, tal y como prevé el Gobierno, sino a partir del ejercicio 2010-2011.