El Instituto de Ciencias Matemáticas es un centro mixto del CSIC y las universidades Autónoma, Carlos III y Complutense de Madrid, que cuenta con unos 90 investigadores, incluyendo los becarios de investigación. Sus objetivos son la investigación de calidad en matemáticas así como en sus aplicaciones y la formación de jóvenes investigadores. Desarrolla además una intensa actividad de divulgación.
El Instituto de Física Teórica es un centro mixto del CSIC y la UAM, y tiene una estructura similar. Su objetivo es el desarrollo de la investigación científica de calidad en el área de la Física Teórica, así como la participación en la formación de jóvenes investigadores y profesionales y en la transmisión del conocimiento a la sociedad.