ANECA lleva a cabo su actividad (evaluación, certificación y acreditación) a través de diferentes programas:
Programas de evaluación de enseñanzas e instituciones
PROGRAMA AUDIT. Dirigido a los centros universitarios para orientarles en el establecimiento de sistemas de garantía interna de calidad.
PROGRAMA DOCENTIA. Da apoyo a las universidades para que diseñen mecanismos propios para valorar la calidad de la actividad docente de su profesorado.
EVALUACIÓN DE PROGRAMAS OFICIALES DE POSGRADO. Evalúa propuestas de títulos de posgrado de las universidades de aquellas Comunidades Autónomas que no disponen de agencia de evaluación y de las universidades dependientes del Ministerio de Educación y Ciencia.
MENCIÓN DE CALIDAD A PROGRAMAS DE DOCTORADO. Supone un reconocimiento a la solvencia científico-técnica y formadora de determinados programas de doctorado.
PROGRAMA VERIFICA. Evalúa las propuestas de los planes de estudio diseñados en consonancia con los objetivos establecidos para la construcción del Espacio Europeo de Educación Superior.
Programas de evaluación del profesorado
PARA LA CONTRATACIÓN. Evalúa la actividad docentes e investigadora y la formación académica de los solicitantes para el acceso a las figuras de profesor universitario contratado (profesor contratado doctor, profesor ayudante doctor, profesor colaborador y profesor de universidad privada) establecidas en la LOMLOU.
ACREDITACIÓN NACIONAL (Programa ACADEMIA). Evalúa el perfil de los solicitantes para el acceso a los cuerpos de funcionarios docentes universitarios (Profesores Titulares de Universidad y Catedráticos de Universidad).