Este último sistema incluia también a Telnex. Pero su mayor aportación llegó en 1971, cuando desarrolló la primera aplicación de correo electrónico para enviar mensajes entre ordenadores, hoy considerada la principal herramienta mundial de trabajo.
Buscó un símbolo que estuviera en todos los teclados pero no apareciese en los nombres de las personas o empresas y eligió la arroba (@) para distinguir los correos locales de los globales en la dirección del mensaje.
Su primera dirección de correo electrónico fue tomlinson@bbn-tenexa.
Poco después su uso se extendió a los e-mails de todo el mundo.
En 2009 recibió el Premio Príncipe de Asturias de Investigación Científica y Técnica junto con Martin Cooper, padre del teléfono móvil, por sus contribuciones “al gran avance tecnológico de las comunicaciones humanas”.